醫(yī)院的污水，除一般生活污水外，還含有化學(xué)物質(zhì)、放射性廢水和病原體。因此，必須經(jīng)過(guò)處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來(lái)的污水，須經(jīng)消毒后才可排放。無(wú)集中式污水處理設(shè)備的醫(yī)院，對(duì)有傳染性的糞便，必須單獨(dú)消毒使其無(wú)害化。對(duì)含放射性同位素的污水，應(yīng)按同位素處理要求處理。醫(yī)院污水在處理過(guò)程中，沉淀的污泥含有大量的細(xì)菌、病毒和寄生蟲(chóng)卵，須經(jīng)消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
醫(yī)院污水處理的目的是通過(guò)采用各種水處理技術(shù)去除水中的污染物，以達(dá)到排放標(biāo)準(zhǔn)。現(xiàn)代污水處理技術(shù)，按處理程度劃分，可分為一級(jí)、二級(jí)和三級(jí)處理。
一級(jí)處理：
一級(jí)處理為物理處理法，主要去除污水中呈懸浮狀態(tài)的固體污染物質(zhì)。經(jīng)過(guò)一級(jí)處理后的污水，BOD一般可去除30%左右，達(dá)不到排放標(biāo)準(zhǔn)。

二級(jí)處理：
二級(jí)處理主要去除污水中呈膠體和溶解狀態(tài)的有機(jī)污染物質(zhì)，去除率可達(dá)90%以上，使有機(jī)污染物達(dá)到排放標(biāo)準(zhǔn)。處理工藝流程為一級(jí)處理加生物處理，生物處理采用活性污泥法和生物膜法等。

三級(jí)處理：
三級(jí)處理，主要是進(jìn)一步處理難降解的有機(jī)物、磷和氮等能夠?qū)е滤w富營(yíng)養(yǎng)化的可溶性無(wú)機(jī)物等。主要方法有生物脫氮除磷法、混凝沉淀法、砂濾法、活性炭吸附法、離子交換法和電滲析法等。

其他處理：
普通病房等一般生活污水先經(jīng)化糞池處理；傳染病門(mén)急診和病房的污水應(yīng)單獨(dú)收集處理；廚房食堂的污水應(yīng)經(jīng)設(shè)隔油設(shè)備處理；放射性廢水應(yīng)單獨(dú)收集處理等。

消毒處理：
消毒工藝是污水處理的后一步，主要是殺滅污水中的致病微生物和糞大腸菌群，以達(dá)到排放標(biāo)準(zhǔn)的要求。