液相色譜柱是一種用硅膠制作而成的材料，它是由保護柱，保護柱套，保護柱芯這三部分組成的。在使用液相色譜柱的時候如何讓選擇，在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。再看看樣品是極性的且弱酸性的；就可以選擇C18在酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受純水且對極性化合物保留很好的色譜柱。
液相色譜柱的購買一定要注意，如果樣品極性太強，或酸性太強；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，親水色譜，也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱，缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗。若樣品是堿性的，可選擇高純硅膠柱他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留。
