性能指標(biāo)
- 測(cè)序讀長(zhǎng)：平均讀長(zhǎng) 3-12 Kb，最長(zhǎng)可達(dá)30Kb；
- 一致性準(zhǔn)確率：一致性準(zhǔn)確率可達(dá) 99.99%；
- GC含量檢測(cè)能力：無(wú)需PCR擴(kuò)增，適合GC含量基因組；
- 堿基修飾：可直接讀取，并可以檢測(cè)未知堿基修飾及DNA損傷類(lèi)型；
- 有效數(shù)據(jù)產(chǎn)量/Cell：0.5-1.2G/Cell；
- 輸出數(shù)據(jù)格式和數(shù)據(jù)兼容性：數(shù)據(jù)格式和二代兼容；
- 軟件：smrt analysis提供二級(jí)數(shù)據(jù)分析。
主要應(yīng)用
- 未知物種全基因組從頭測(cè)序；
- 已測(cè)序物種的基因組重新測(cè)序；
- 特定目標(biāo)區(qū)域深度測(cè)序；
- 微生物多樣性分析（全長(zhǎng)16S rRNA 測(cè)序）；
- 無(wú)需拼接的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序；
- 甲基化修飾等表觀遺傳學(xué)研究；
- 多重PCR擴(kuò)增片段測(cè)序。
樣品要求
1.基因組或PCR產(chǎn)物：
- 雙鏈DNA，未曾反復(fù)凍融，未曾暴露在高溫環(huán)境（>65C）和PH環(huán)境（< 6或> 9）；
- 未經(jīng)熒光染色或紫外照射（避免EB染色）；
- 不包含變性劑（如guanidinium salts 或 phenol）和洗滌劑（如SDS或Triton-X100）；
- 不包含不溶解的物質(zhì)；
- 不包含蛋白、RNA、糖類(lèi)等污染；
- 不包含來(lái)自原始樣本的污染物（如heme, humic acid, polypheno等)；
- OD260/OD280范圍在1.8 - 2.0，OD260/OD230 約為2.0；
2.基因組DNA總量>5ug，濃度>50ng/ul；PCR產(chǎn)物總量>500ng；
3.制備好的文庫(kù)：2100檢測(cè)圖譜和Qubit濃度定量結(jié)果；
4.損傷較嚴(yán)重樣品需提前說(shuō)明，并與儀器操作人員聯(lián)系；
5.病毒、致病微生物等危險(xiǎn)性樣本恕不接收。
儀器說(shuō)明
PacBio RS II測(cè)序系統(tǒng)，是基于單分子實(shí)時(shí)（Single Molecule Real Time, SMRT）DNA測(cè)序技術(shù)和納米微孔應(yīng)用的第三代測(cè)序平臺(tái)。它能帶來(lái)測(cè)序行業(yè)的一致準(zhǔn)確性和最長(zhǎng)的讀長(zhǎng)，讓科學(xué)家能夠快速經(jīng)濟(jì)地完成基因組組裝，揭示并了解表觀基因組，以及鑒定基因組變異，是基因組從頭測(cè)序和全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的。上海交通大學(xué)2015年引進(jìn)了華東地區(qū)第二臺(tái)PacBio RS II第三代測(cè)序儀，力爭(zhēng)提供更全面的基因組測(cè)序服務(wù)，助力基因組學(xué)研究。該儀器由分析測(cè)試中心生命科學(xué)室管理運(yùn)行。
