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Genetech推出細(xì)胞系命名改革方案

時間:2015-4-17閱讀:403
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在生物基礎(chǔ)研究中,由于對細(xì)胞系的命名缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn),因此造成了細(xì)胞系鑒定錯誤,交叉污染以及缺乏注釋等問題,zui終這些問題嚴(yán)重影響了科研的產(chǎn)出效率。

歷*使用的細(xì)胞系的名字都由*個發(fā)明它的科學(xué)家所貢獻(xiàn),而直到zui近才有一些相關(guān)的科學(xué)命名建議被提出。這些古老的命名方式十分不精練,缺乏科學(xué)性,而且本身的一致性又較差。比如一種叫做SK-BR3的細(xì)胞系,如果用"SK-BR3" 作為關(guān)鍵字在NCBI pubmed中進(jìn)行搜索,zui多只能找到81篇文章,而如果把中間的連接符去掉,使用"SKBR3"進(jìn)行搜索,則能夠找到645篇文章,這種問題比比皆是。


細(xì)胞系命名的不一致還對數(shù)據(jù)的整合與分析造成了影響,隨著近年來細(xì)胞數(shù)量與實驗數(shù)量的上升,這一問題變得格外明顯。比如,如果比較Sanger數(shù)據(jù)庫與癌細(xì)胞系百科數(shù)據(jù)庫中的細(xì)胞類別,可以得到454株相同的細(xì)胞系,而在這454株細(xì)胞中,有59株(13%)的細(xì)胞在兩個數(shù)據(jù)庫中的名字是不一致的(像Panc-03-27與Panc23.27等)。這在數(shù)據(jù)分析過程中很容易造成重復(fù)引用問題。


然而不僅僅是名字,細(xì)胞系的其它一些性質(zhì)(比如組織, 物種,疾病類型以及病理特征等)均存在描述不夠嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膯栴}。比如說"adenocarcinoma."根據(jù)所有數(shù)據(jù)庫的資料,總共有80余種細(xì)胞系可以被定義為"adenocarcinoma",這說明這種描述根本不夠確切。


為了解決這一問題,來自美國Genetech公司的Richard M. Neve等人開發(fā)出一種新的,適用于科研界與商業(yè)界的細(xì)胞描述方法。


簡單來說,作者們首先從各大數(shù)據(jù)庫(ATCC, DSMZ, JCRB, ECACC)中收集到了初始的細(xì)胞系信息(6857株細(xì)胞),根據(jù)名字的重復(fù)與否進(jìn)行去除冗余步驟得到3,587株參考細(xì)胞系。之后,作者通過手動的方式將細(xì)胞的大小寫,標(biāo)點等符號性的區(qū)別加以去除,細(xì)胞系攜帶的疾病特征描述信息通過參照疾病分類數(shù)據(jù)庫等的標(biāo)準(zhǔn)加以矯正,再此過程中再一次去除冗余的細(xì)胞。在經(jīng)歷上述步驟后,如果還有同一類細(xì)胞系在不同的數(shù)據(jù)庫中名稱不同的情況,那么久翻閱zui初發(fā)現(xiàn)者的相關(guān)文章,以其中對這一細(xì)胞的命名為標(biāo)準(zhǔn)。如果原始文獻(xiàn)的標(biāo)準(zhǔn)也不統(tǒng)一,那么就以zui簡單的名稱為準(zhǔn)。


經(jīng)過篩選后的細(xì)胞系下一步準(zhǔn)備進(jìn)行錄入。錄入時需要提供四項基本信息:1. *的細(xì)胞名稱;2. 物種來源;3. zui原始組織來源;4. 組織的病理特征。


作者們還提出了一個"C-name"的概念。在zui簡單的情形下,C-name就是細(xì)胞系的名稱。如果某一類新的細(xì)胞系同另一類細(xì)胞系中衍生得到,那么它們擁有同一個C-name,但是新建立的細(xì)胞系還要擁有一個新的子名稱。如果有多種細(xì)胞從同一患者的同一組織中衍生得到,它們擁有同一個C-name,否則需要分別建立各自的C-name。


另外,為了解決細(xì)胞系之間因交叉污染導(dǎo)致來源不清楚的問題,作者優(yōu)化了STR(simple tandem repeat)以及SNP(single nucleotide polymorphism)的方法進(jìn)行細(xì)胞系的鑒定。在此不再贅述。


聯(lián)合上述兩項方法,作者希望能夠為細(xì)胞命名的改革提供一個基本的平臺,讓我們以后的基礎(chǔ)科研更加有序與

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