病毒
《Nature》：中國科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的一個研究小組對2014年秋天在塞拉利昂收集的一些埃博拉病毒分離株進(jìn)行基因組序列分析，追蹤了埃博拉疫情后期階段這一病毒的多樣性和進(jìn)化。
Genetic diversity and evolutionary dynamics of Ebola virus in Sierra Leone
《Cell》：哈佛大學(xué)、Broad研究所、美國疾控中心（CDC）、美國國家過敏和傳染病研究所（NIAID）等機(jī)構(gòu)的研究人員測序了兩百多個埃博拉病毒樣本的基因組，進(jìn)行了迄今為止zui全面的分析，展示了病毒在這么長時間里發(fā)生的改變。
Ebola Virus Epidemiology, Transmission, and Evolution during Seven Months in Sierra Leone
《Nature》：巴斯德研究所、法國國家科學(xué)研究中心和悉尼大學(xué)的科學(xué)家們通過對病毒株進(jìn)行基因組測序，鑒別出埃博拉病毒遺傳變異的特征，揭示出有三種不同的病毒變種在幾內(nèi)亞，尤其是首都的城市區(qū)域和附近的市鎮(zhèn)同時傳播。
Distinct lineages of Ebola virus in Guinea during the 2014 West African epidemic
《Nature Genetics》：一個跨國團(tuán)隊(duì)收集并分析了來自99個國家的4987個北京系結(jié)核分枝桿菌樣本，并對其中110個樣本進(jìn)行了全基因組測序，對其他樣本進(jìn)行了部分測序。結(jié)果顯示北京系結(jié)核分枝桿菌出現(xiàn)以來，感染力變得越來越強(qiáng)，完勝其他結(jié)核分枝桿菌。
Evolutionary history and global spread of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage
《mBio》：美國科學(xué)家發(fā)現(xiàn)埃博拉病毒基因組變化可能會對基于埃博拉病毒序列而研發(fā)出來的治療方法產(chǎn)生負(fù)面影響，因此應(yīng)對現(xiàn)在正在應(yīng)用的治療方法進(jìn)行重新評估。
Evaluation of the Potential Impact of Ebola Virus Genomic Drift on the Efficacy of Sequence-Based Candidate Therapeutics
《PNAS》：復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究人員與來自中國、西班牙、瑞士等國的科學(xué)家們采用全基因組測序結(jié)合大規(guī)?；蚍中?，揭示出了結(jié)核分枝桿菌北京家族菌株的起源、進(jìn)化及其與現(xiàn)代人類遷移的。
Southern East Asian origin and coexpansion of Mycobacterium tuberculosis Beijing family with Han Chinese
《Genome Announcements》：復(fù)旦大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院在上*次獲得了完整的腦膜膿毒黃桿菌全基因組序列。該完整參考序列將作為腦膜膿毒黃桿菌的標(biāo)準(zhǔn)全基因組參考序列，有效推進(jìn)腦膜膿毒黃桿菌基礎(chǔ)和應(yīng)用微生物組學(xué)及醫(yī)學(xué)的研究。
Complete Genome Sequence of Elizabethkingia meningoseptica, Isolated from a T-Cell Non-Hodgkin's Lymphoma Patient
《PNAS》：墨爾本大學(xué)帶領(lǐng)的一個科學(xué)家小組從世界各地37個研究機(jī)構(gòu)和六個國家獲取300株細(xì)菌樣本，解碼了肺炎克雷伯菌（KP）基因組，使科學(xué)家們獲得有價值的數(shù)據(jù)，走在KP演化的前面。
Genomic analysis of diversity, population structure, virulence, and antimicrobial resistance in Klebsiella pneumoniae, an urgent threat to public health
《mBio》：哥倫比亞大學(xué)的病毒學(xué)家發(fā)現(xiàn)了一種新病毒，命名為人hepegivirus 1（HHpgV-1）。從遺傳學(xué)序列上看，這種新病毒與嚴(yán)重?fù)p傷肝臟的丙肝病毒和人類pegivirus（曾被稱為庚型肝炎病毒）有些相似。
Virome Analysis of Transfusion Recipients Reveals a Novel Human Virus That Shares Genomic Features with Hepaciviruses and Pegiviruses
宏基因組
《Cell》：華盛頓大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)通過計(jì)算分析定位了每個序列的菌種來源，發(fā)現(xiàn)在一百多人的微生物組中，有幾十個菌種的五千多個基因存在著顯著的拷貝數(shù)變化。
Extensive Strain-Level Copy-Number Variation across Human Gut Microbiome Species
《mBio》：多國科學(xué)家對zui常用的復(fù)雜微生物群落高通量宏基因組技術(shù)進(jìn)行評論和總結(jié)，并討論了它們的特點(diǎn)、優(yōu)點(diǎn)及其在環(huán)境科學(xué)中的應(yīng)用，主要集中于復(fù)雜微生物系統(tǒng)的分析。
High-Throughput Metagenomic Technologies for Complex Microbial Community Analysis: Open and Closed Formats
《Cell Host & Microbe》：華大基因和瑞典哥德堡大學(xué)的研究人員對98名一歲以內(nèi)的瑞典嬰兒的糞便進(jìn)行宏基因組niao槍法測序，鑒定了四千多個新細(xì)菌基因組。發(fā)現(xiàn)即使引入了固體食物，非母乳喂養(yǎng)嬰兒的微生物組仍舊比母乳喂養(yǎng)嬰兒更接近成人。
Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life
《mBio》：中國研究人員在121份大熊貓糞便樣本中使用了稱為16S rRNA基因測序的實(shí)驗(yàn)室技術(shù)。研究顯示大熊貓表現(xiàn)出極低的腸道菌群多樣性，整體結(jié)構(gòu)不同于非熊貓的食草動物，卻類似于肉食性和雜食性的熊。
The Bamboo-Eating Giant Panda Harbors a Carnivore-Like Gut Microbiota, with Excessive Seasonal Variations
《Nature Medicine》：北京協(xié)和醫(yī)院和華大基因等機(jī)構(gòu)的研究人員共同合作完成了類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎（RA）患者口腔和腸道微生物元基因組研究。
The oral and gut microbiomes are perturbed in rheumatoid arthritis and partly normalized after treatment
《Cell》：一個研究小組建立了世界上zui大的拉沙病毒（Lassa virus，LASV）數(shù)據(jù)集。這一新基因組目錄包含了從塞拉利昂和尼日利亞患者樣本，及主要的動物宿主多乳小鼠野外樣本中采集的近200個病毒基因組。
Clinical Sequencing Uncovers Origins and Evolution of Lassa Virus
《Nature Biotechnology》：深圳華大基因研究院、哥本哈根大學(xué)等研究機(jī)構(gòu)的科研人員構(gòu)建了世界*較為完整的小鼠腸道微生物基因集，為以小鼠為基礎(chǔ)的人類疾病模型研究提供有益參考。
A catalog of the mouse gut metagenome
《Science》：來自美國50家機(jī)構(gòu)的48位科學(xué)家組成的一個聯(lián)合小組，倡議開展一項(xiàng)浩大的研究，以理解和利用微生物組——棲息在多種多樣生態(tài)系統(tǒng)（如人類腸道和海洋）的微生物群落，來改善人類健康、農(nóng)業(yè)、生物能源和環(huán)境。
A unified initiative to harness Earth's microbiomes
《Nature》：三位杰出的學(xué)者認(rèn)為，Unified Microbiome Initiative將發(fā)展變革工具和研究小組，并提出一項(xiàng)微生物組倡議，將補(bǔ)充這項(xiàng)美國計(jì)劃的工作。
Microbiology: Create a global microbiome effort
《Science Translational Medicine》：加州大學(xué)洛杉磯分校（UCLA）的研究人員利用宏轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)痤瘡患者和健康人的皮膚菌群轉(zhuǎn)錄譜并不相同。
Vitamin B12 modulates the transcriptome of the skin microbiota in acne pathogenesis
《Nature》：德國馬克斯普朗克植物育種研究所和蘇黎世聯(lián)邦理工大學(xué)合作，將模式植物擬南芥（Arabidopsis thaliana）葉片和根中發(fā)現(xiàn)的細(xì)菌，培育出了超過一半。
Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota
《Nature Biotechnology》：斯坦福大學(xué)的研究人員將Illumina長讀取技術(shù)（TruSeq SyntheticLong-Reads）與計(jì)算工具結(jié)合起來，獲得了一名男性腸道微生物組的清晰圖譜，揭示了腸道微生物組的驚人多樣性。
Synthetic long-read sequencing reveals intraspecies diversity in the human microbiome