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來自深圳華大基因研究院，中國科學院昆明動物研究所、中國科學院動物研究所、成都大熊貓繁育研究基地和中國保護大熊貓研究中心的研究人員近期公布，大熊貓基因組測序研究項目完成，并繪制出大熊貓基因組精細圖。這是中國科學家*次全面系統(tǒng)地對大熊貓基因組進行測序研究。
昨日Nature的頭條報道了這一研究成果，這是繼*個黃種人基因組后的又一生命科學的里程碑式貢獻，也是科學家*次全面掌握大熊貓的基因資源，對其在分子水平上的保護具有重要意義。該研究的基因組樣品是取自北京奧運會的吉祥物動物“晶晶”。
這一研究工作是*個使用新一代合成法測序技術完成的基因組序列圖，全部組裝和分析軟件都是深圳華大基因研究院自主編寫的。該成果證明了短序列也能組裝成完整基因組，并將成為基因組繪圖的標準。新的測序技術使得成本降低了幾個數(shù)量級，時間也縮短了幾倍，極大加速了解碼生命的進程。
此項目自2008年3月啟動，已經完成了大熊貓“晶晶”基因組精細圖的測序和組裝工作。大熊貓有染色體21對，基因組大小2.4G，重復序列含量36%，基因2萬多個。經過二倍體測序，證明大熊貓基因組仍然具備很高的雜合率，從而推斷具有較高的遺傳多態(tài)性，不會瀕于滅絕。經過對同源基因的分析發(fā)現(xiàn)，大熊貓不喜歡吃肉主要是因為一個基因T1R1失活了，無法感覺到肉的鮮味，但是大熊貓本身沒有能夠消化竹子纖維的基因，消化竹子纖維則主要靠胃腸道細菌群。在已經進行全基因組測序的物種中，大熊貓基因組與狗的基因組zui接近；數(shù)據(jù)分析結果同時還進一步支持了大多數(shù)科學家所持的“大熊貓是熊科的一個亞種”的觀點，證明了熊科內部各類群的分類情況。
大熊貓基因組精細圖這一研究成果，*大熊貓基因組及分子生物學研究的空白，將從基因組學的層面上為大熊貓的保護、疾病監(jiān)控及其人工繁殖提供科學依據(jù)。這是中國科學家的又一基因組研究成果，去年深圳華大基因研究院，北京大學，中科院北京基因組研究所等發(fā)布了*張亞洲漢族個體的個人基因組，成果公布在Nature雜志上。同樣研究人員以大規(guī)模平行測序技術（massively parallel signature sequencing，MPSS）為基礎對整個基因組進行測序，測序量達到36倍覆蓋率，并且比對了NCBI人類相關基因組，短閱讀序列達到99.97％覆蓋率，而且根據(jù)參考的基因組，研究人員利用*的mapped reads獲得了一個92％亞洲個體基因組的高質量序列集合。同時研究人員從中識別出了大約300萬個SNPs，其中13.6％在dbSNP數(shù)據(jù)庫中沒有出現(xiàn)過，基因型分析證明這些SNP具有高性和一致性。
本文由/編輯
昨日Nature的頭條報道了這一研究成果，這是繼*個黃種人基因組后的又一生命科學的里程碑式貢獻，也是科學家*次全面掌握大熊貓的基因資源，對其在分子水平上的保護具有重要意義。該研究的基因組樣品是取自北京奧運會的吉祥物動物“晶晶”。
這一研究工作是*個使用新一代合成法測序技術完成的基因組序列圖，全部組裝和分析軟件都是深圳華大基因研究院自主編寫的。該成果證明了短序列也能組裝成完整基因組，并將成為基因組繪圖的標準。新的測序技術使得成本降低了幾個數(shù)量級，時間也縮短了幾倍，極大加速了解碼生命的進程。
此項目自2008年3月啟動，已經完成了大熊貓“晶晶”基因組精細圖的測序和組裝工作。大熊貓有染色體21對，基因組大小2.4G，重復序列含量36%，基因2萬多個。經過二倍體測序，證明大熊貓基因組仍然具備很高的雜合率，從而推斷具有較高的遺傳多態(tài)性，不會瀕于滅絕。經過對同源基因的分析發(fā)現(xiàn)，大熊貓不喜歡吃肉主要是因為一個基因T1R1失活了，無法感覺到肉的鮮味，但是大熊貓本身沒有能夠消化竹子纖維的基因，消化竹子纖維則主要靠胃腸道細菌群。在已經進行全基因組測序的物種中，大熊貓基因組與狗的基因組zui接近；數(shù)據(jù)分析結果同時還進一步支持了大多數(shù)科學家所持的“大熊貓是熊科的一個亞種”的觀點，證明了熊科內部各類群的分類情況。
大熊貓基因組精細圖這一研究成果，*大熊貓基因組及分子生物學研究的空白，將從基因組學的層面上為大熊貓的保護、疾病監(jiān)控及其人工繁殖提供科學依據(jù)。這是中國科學家的又一基因組研究成果，去年深圳華大基因研究院，北京大學，中科院北京基因組研究所等發(fā)布了*張亞洲漢族個體的個人基因組，成果公布在Nature雜志上。同樣研究人員以大規(guī)模平行測序技術（massively parallel signature sequencing，MPSS）為基礎對整個基因組進行測序，測序量達到36倍覆蓋率，并且比對了NCBI人類相關基因組，短閱讀序列達到99.97％覆蓋率，而且根據(jù)參考的基因組，研究人員利用*的mapped reads獲得了一個92％亞洲個體基因組的高質量序列集合。同時研究人員從中識別出了大約300萬個SNPs，其中13.6％在dbSNP數(shù)據(jù)庫中沒有出現(xiàn)過，基因型分析證明這些SNP具有高性和一致性。
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