環(huán)境檢測和清潔在環(huán)境方面
GC-MS正在成為跟蹤持續(xù)有機(jī)物污染所選定的工具。GC-MS設(shè)備的費(fèi)用已經(jīng)顯著地降低，并且，同時(shí)其可靠性也已經(jīng)提高。這樣就是該儀器更適合用于環(huán)境監(jiān)測研究。對于一些化合物，如某些殺蟲劑和除草劑GC-MS的敏感度不夠，但對大多數(shù)環(huán)境樣品的有機(jī)物分析，其中包括許多主要類型的殺蟲劑，它是非常敏感和有效的。
刑事鑒識
GC-MS分析人身體上的小顆粒幫助將罪犯與建立。用GC-MS進(jìn)行火災(zāi)殘留物的分析的分析方法已經(jīng)很好的確立了起來。甚至，美國試驗(yàn)材料學(xué)會確定了火災(zāi)殘留物的分析標(biāo)準(zhǔn)。在這種分析中，GCMS/MS特別有用，因?yàn)樵嚇又谐３：蟹浅?fù)雜的基質(zhì)，并且，法庭上使用的結(jié)果要求要有高的度。
方面的應(yīng)用GC-MS在麻醉品的監(jiān)測方面的應(yīng)用逐漸增多，甚至，zui終會取代嗅藥犬。GC-MS也普遍地用于刑理學(xué)在、受害者或死者的生物標(biāo)本中發(fā)現(xiàn)藥物和毒物。
運(yùn)動反分析GC-MS也是用于運(yùn)動反實(shí)驗(yàn)室，在運(yùn)動員的尿樣中測試是否存在被禁用的體能促進(jìn)類藥物的主要工具，例如，測定合成代謝類固醇類藥物。
社會安全
9．11后開發(fā)的爆炸物監(jiān)測系統(tǒng)已經(jīng)成為全美國飛機(jī)場設(shè)施的一部分。這些監(jiān)測系統(tǒng)的操作依賴大量的技術(shù)，其中，許多是基于GC-MS的。美國聯(lián)邦航空管理局僅三家制造商提供這些系統(tǒng)，其中之一是Thermo Detection公司，以前叫Thermedics，它生產(chǎn)Egis爆炸物檢測器（EGIS是一個(gè)基于GC-MS爆炸物檢測線。另外兩家制造商是Barringer Technologies，現(xiàn)在被Smith's Detection Systems收買，和Ion Track Instruments，它是General Electric Infrastructure Security Systems的一部分。
食品、飲料和香水分析食品和飲料中包含大量芳香化合物
一些是天然就存在于原材料中另外一些是在加工時(shí)形成的。GC-MS廣泛地用于分析這些化合物，它們包括：酯、脂肪酸、醇、醛、萜類等。GC-MS也用于測定由于腐壞和摻假所造成的污染物，這些污染物可能是有害的，而且，常常由政府有關(guān)部門對其實(shí)行控制。例如，殺蟲劑。
醫(yī)療方面
醫(yī)藥十幾種先天性代謝疾病，也叫先天性代謝缺陷（Inborn error of metabolism ，IEM）現(xiàn)在都可以通過新生兒篩檢試驗(yàn)測到，特別是使用氣相色譜－質(zhì)譜法進(jìn)行監(jiān)測。GC-MS可以測定尿中的化合物，甚至該化合物在非常小的濃度下都可被測出。這些化合物在正常人體內(nèi)不存在，但出現(xiàn)在患代謝疾病的人群中。因而，該方法日益成為早期診斷IEM的常用方法，這樣及早治療方案zui終導(dǎo)致更好的預(yù)后。目前能用GC-MS在出生時(shí)，通過尿液監(jiān)測測出100種以上遺傳性代謝異常。
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