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上海酶聯(lián)生物研究所
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閱讀：323發(fā)布時間：2012-8-22
NimbleGen近期推出的ISCA Plus細胞遺傳學芯片除了NimbleGen的DEVA 1.1軟件外又有了新的分析工具可供用戶選擇。BioDiscovery的Nexus軟件可用于羅氏NimbleGen比較基因組、細胞遺傳學芯片及表達譜芯片分析，羅氏診斷將在中國銷售該系列軟件，包括：
Nexus Copy Number Standard提供基因組拷貝數(shù)分析的基本統(tǒng)計學工具，可同時分析多個樣本并瀏覽各個樣本數(shù)據(jù)，計算特定位點的等位基因頻率以及發(fā)現(xiàn)雜合性缺失的位點，發(fā)現(xiàn)多個樣本共有的拷貝數(shù)擴增或者缺少區(qū)域，進行基因注釋。既可以在本地保存數(shù)據(jù)，又可以連接到Nexus的遠程數(shù)據(jù)庫及ISCA及CCMC等他數(shù)據(jù)庫等。
Nexus Copy Number Discovery 提供Nexus Copy Number Standard軟件的所有功能外，增強了統(tǒng)計分析的能力及注釋能力如：不同樣本組間的統(tǒng)計學分析，利用Survival Predictive Power計算的生存率分析，輸出Kaplan-Meir圖，添加mRNA、miRNA及甲基化信息，變異中Pathway或GO富集區(qū)域， 按照實驗結(jié)果將樣本分組。
Nexus軟件的優(yōu)點在于簡便易用，分析快速，人性化的界面設(shè)計只需點擊即可完成復(fù)雜的數(shù)據(jù)分析，不需要生物信息學專家的幫助。擁有出色的統(tǒng)計學工具，獲得你所關(guān)心的各種比較結(jié)果。既有高質(zhì)量且可靈活操作的基因組視圖，又可生成精美的圖片展示實驗結(jié)果，幫助您完成高質(zhì)量的研究報告。該軟件可支持多個芯片平臺的數(shù)據(jù)分析。尋找變異的公共區(qū)域，可以連接到多個數(shù)據(jù)庫包括Nexus DB、ISCA及CCMC，多種報告的產(chǎn)生。
Nexus Expression提供多種基因表達分析方法。可以將樣本分組發(fā)現(xiàn)表達的模式，不同形狀的樣本可以用不同顏色表示，同時比較多個樣本并可以進行基因注釋，通過組間比較發(fā)現(xiàn)表達顯著改變的基因，可生成Kaplan-Meier圖來估計不同組的生存率， 發(fā)現(xiàn)表達改變的基因中重復(fù)出現(xiàn)的 GO，進行GSEA計算（Gene Set Enrichment Analysis）。
通過此次羅氏Nimble與BioDiscovery Nexus軟件的合作，將補充NimbleGen的DEVA芯片分析軟件功能，為NimbleGen芯片的用戶提供更多芯片分析工具，獲得更多的數(shù)據(jù)分析及精美的實驗報告。
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