生物通報(bào)道：英國(guó)雜志《Nature》周刊是世界上zui早的性科技期刊，自從1869年創(chuàng)刊以來(lái)，始終如一地報(bào)道和評(píng)論科技領(lǐng)域里zui重要的突破。其辦刊宗旨是“將科學(xué)發(fā)現(xiàn)的重要結(jié)果介紹給公眾，讓公眾盡早知道*自然知識(shí)的每一分支中取得的所有進(jìn)展”。近期《Nature》下載論文zui多的十篇文章（2013年5月15日 ～ 2013年6月14日）：透明的大腦
Nature 497 （2013年5月16日）5月16日封面所示為完好的小鼠海馬體的一個(gè)三維圖片，它被做成透明的，顯示表達(dá)eYFP（綠色）、小清蛋白（紅色）和膠質(zhì)細(xì)胞原纖維酸性蛋白（藍(lán)色）的神經(jīng)元。生物組織的高分辨率成像傳統(tǒng)上需要切片，這對(duì)像大腦那樣的組織來(lái)說(shuō)意味著要失去長(zhǎng)距離連接?，F(xiàn)在，Karl Deisseroth及其同事開(kāi)發(fā)出培養(yǎng)在光學(xué)上是透明的、大分子可滲透的完整、完好器官的一種方法，其做法是：從組織內(nèi)部構(gòu)建一個(gè)基于水凝膠的“基礎(chǔ)設(shè)施”，它可以讓研究人員隨后將散射光的類脂除掉，從而得到一個(gè)透明的大腦。被稱為CLARITY的這種方法還允許用抗體對(duì)蛋白進(jìn)行重復(fù)標(biāo)記以及在非切片的組織（如在福爾馬林中保存很多年的完整小鼠大腦或人的臨床樣本）中對(duì)核酸進(jìn)行原位雜交。“組織缺氧”對(duì)微RNA的影響
Nature 497 （2013年5月16日）由微RNA介導(dǎo)的對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控，出現(xiàn)在對(duì)“組織缺氧”（固體腫瘤中心所發(fā)生的一種狀況）等壓力條件的反應(yīng)過(guò)程中。Mien-Chie Hung及其同事發(fā)現(xiàn)，致癌基因產(chǎn)物EGFR（表皮生長(zhǎng)因子受體）磷酸化argonaute 2 （AGO2），后者是微RNA的生物生成中的一個(gè)關(guān)鍵因子，而且這一過(guò)程會(huì)被“組織缺氧”增強(qiáng)。AGO2的這一修飾損害微RNA的處理，但促進(jìn)細(xì)胞存活和入侵性。具有較高phospho-AGO2含量的乳腺癌患者預(yù)后較差。萬(wàn)眾一心的“超級(jí)螞蟻”
Nature 498 （2013年6月6日）

蟻群有時(shí)被當(dāng)成超級(jí)生物，即它們?cè)谌郝鋵用嫔蠒?huì)受到自然選擇的影響。在對(duì)“紅色收獲蟻”（Pogonomyrmex barbatus）的集體行為與群落中生殖成功率之間的關(guān)系所做的一項(xiàng)長(zhǎng)期（27年）研究中，Deborah Gordon發(fā)現(xiàn)，它們的確能表現(xiàn)出這種超級(jí)生物特性。在干旱時(shí)期，“收獲蟻”的覓食往往不像它們?cè)谑澄镓S富時(shí)那么多；它們似乎是等待時(shí)機(jī)，直到狀況改善。這種懂得克制的特征會(huì)傳給它們的子群落，說(shuō)明它的確可被看作是一個(gè)群落層面的特征。
癌細(xì)胞的“內(nèi)吞”營(yíng)養(yǎng)機(jī)制
Nature 497 （2013年5月30日）這篇論文描述了向癌細(xì)胞供應(yīng)養(yǎng)分的一個(gè)以前沒(méi)有被識(shí)別出來(lái)的通道。致癌的Ras蛋白已知促進(jìn)“巨胞飲”（macropinocytosis）。這是一個(gè)“內(nèi)吞”過(guò)程，在其中，細(xì)胞外流體及其成分通過(guò)名為“巨胞飲小體”（macropinosome）的小泡被內(nèi)化到細(xì)胞中?，F(xiàn)在，Dafna Bar-Sagi及其同事發(fā)現(xiàn)，被Ras改變的細(xì)胞可利用這一過(guò)程來(lái)“吃”細(xì)胞外蛋白。被“巨胞飲”的蛋白發(fā)生降解，產(chǎn)生支持腫瘤生長(zhǎng)所必需的自由氨基酸。這一發(fā)現(xiàn)表明，“巨胞飲”的抑制對(duì)于治療一個(gè)亞組的癌癥可能會(huì)有效。
消除基因數(shù)據(jù)的不一致性
Nature 497 （2013年5月16日）相近的、但卻發(fā)生在很久以前的演化事件，對(duì)那些尋求重建演化史的人們構(gòu)成特別的挑戰(zhàn)。通常的方法依靠的是“蠻干”——只是簡(jiǎn)單地將盡可能多的遺傳信息串接起來(lái)，看結(jié)果會(huì)是什么。但用來(lái)進(jìn)行這種串接的數(shù)據(jù)質(zhì)量如何呢？Leonidas Salichos 和Antonis Rokas對(duì)來(lái)自23個(gè)酵母基因組的1070個(gè)基因數(shù)據(jù)集提出了這個(gè)問(wèn)題，并且發(fā)現(xiàn)，這1070個(gè)基因樹(shù)中沒(méi)有一個(gè)是與從串接分析得到100%支持的系統(tǒng)相同的。不一致程度對(duì)于處在系統(tǒng)較深處的較短“節(jié)間”（internodes）來(lái)說(shuō)會(huì)更大。研究人員通過(guò)優(yōu)先“信任”那些獲得高的“平均進(jìn)化枝支持”（average clade support）的基因或“節(jié)間”解開(kāi)了這個(gè)“結(jié)”。他們認(rèn)為，消除數(shù)據(jù)中的不一致性應(yīng)當(dāng)是任何尋求破解久遠(yuǎn)演化事件的人需要邁出的*步。

確定手性的一種方法Nature 497 （2013年5月23日）
手性分子是作為能形成不可重合的鏡像的對(duì)映體存在的，手性在化學(xué)和生物學(xué)的很多方面都扮演一個(gè)基礎(chǔ)性的角色。對(duì)手性進(jìn)行檢測(cè)和量化以難度大著稱，因?yàn)閭鹘y(tǒng)光譜方法所利用的是弱效應(yīng)?，F(xiàn)在，Patterson等人發(fā)現(xiàn)，與一個(gè)轉(zhuǎn)換的電場(chǎng)相結(jié)合的微波光譜能夠?qū)⒁粋€(gè)電偶極Rabi頻率（直接取決于分子的手性的一個(gè)變量）映射到所發(fā)射的微波輻射的相上。這個(gè)效應(yīng)然后被用來(lái)確定冷的氣相分子（在這項(xiàng)研究中用1,2-丙二醇的S-對(duì)映體和R-對(duì)映體及它們的外消旋混合物來(lái)演示）的手性。該方法產(chǎn)生了手性的大的、確定的特征，而且既靈敏又有成分選擇性（species-selective），這使它成為確定一種混合物中多種成分的手性的一個(gè)潛在的理想而*的工具。本期封面圖片上所描繪的紅色和藍(lán)色痕跡是從來(lái)自1,2-丙二醇的S-對(duì)映體和R-對(duì)映體的數(shù)字化的信號(hào)得到的。封面設(shè)計(jì)：。
HIV-1衣殼的原子結(jié)構(gòu)模型
Nature 497 （2013年5月30日）
本期封面所示為處于病毒包膜內(nèi)、具有六聚（金色）和五聚（綠色）組合單元的“人免疫缺陷病毒-1” （HIV-1）衣殼的一個(gè)原子模型。HIV-1（zui主要的艾滋病病毒）含有一個(gè)包裹著病毒RNA基因組的球形衣殼。隨著逆轉(zhuǎn)錄病毒的成熟，衣殼通過(guò)衣殼蛋白CA的自然低聚反應(yīng)而形成。利用“冷電子顯微鏡”和“冷電子斷層掃描”方法，結(jié)合“全原子、大尺度分子動(dòng)態(tài)模擬”，Gongpu Zhao等人確定了HIV-1衣殼的一個(gè)完整原子結(jié)構(gòu)。所獲得的結(jié)構(gòu)模型顯示了衣殼形成、穩(wěn)定性和病毒感染性所必需的元素。特別令人感興趣的是CA蛋白羧基端部區(qū)域之間在一個(gè)新穎的“三倍界面”中的憎水相互作用，這似乎是成熟衣殼的一個(gè)*特征，以前被認(rèn)為可能是一個(gè)有吸引力的治療目標(biāo)。
基于發(fā)育的“基因型-表現(xiàn)型”關(guān)系圖Nature 497 （2013年5月16日）
基因型是怎樣轉(zhuǎn)換成表現(xiàn)型的？當(dāng)它們發(fā)生轉(zhuǎn)換時(shí)，自然選擇是按什么形式的“基因型-表現(xiàn)型”混合體進(jìn)行的？它是會(huì)“看到”很多小點(diǎn)（little points）、其中每個(gè)點(diǎn)都處在自己的適應(yīng)性環(huán)境中，還是會(huì)“看到”代表所有這些點(diǎn)的總合的一個(gè)更為粗糙的畫面？答案當(dāng)然是后者，但這里的“過(guò)濾器”是發(fā)育，它會(huì)約束和決定各種選項(xiàng)。基于來(lái)自牙齒發(fā)育的真實(shí)數(shù)據(jù)的一項(xiàng)新的模擬研究，對(duì)基因、發(fā)育和表現(xiàn)型之間在形態(tài)演化過(guò)程中經(jīng)常是復(fù)雜的相互作用進(jìn)行了探討。
單分子內(nèi)部結(jié)構(gòu)的檢測(cè)Nature 498 （2013年6月6日）
拉曼光譜被廣泛用來(lái)通過(guò)檢測(cè)分子的特征振動(dòng)識(shí)別它們。該技術(shù)已被優(yōu)化到在單分子層面也有效，辦法是采用能增強(qiáng)光譜信號(hào)的強(qiáng)局域化的等離子場(chǎng)。這項(xiàng)研究走得更遠(yuǎn)了一步：它演示了一個(gè)與“尖增強(qiáng)的拉曼散射”（TERS） 相關(guān)的方法，該方法允許對(duì)等離子激元共振和拉曼光譜成像進(jìn)行微調(diào)，能實(shí)現(xiàn)低于1納米的光譜分辨率，甚至能解析一個(gè)單分子的內(nèi)部結(jié)構(gòu)及其在表面上的構(gòu)形。該方法為單分子層面上的光化學(xué)開(kāi)辟了一條新途徑，為按需設(shè)計(jì)、控制和改變分子的功能提供了可能性。
生物膜形成的“富者更富”機(jī)制Nature 497 （2013年5月16日）
 
人們對(duì)細(xì)菌怎樣自組織成微型菌落（形成生物膜的*步）很不了解。在這項(xiàng)研究中，Gerard Wong及其同事采用一個(gè)大規(guī)模并行細(xì)胞跟蹤算法來(lái)獲取每個(gè)細(xì)胞在一個(gè)新表面的定殖過(guò)程中的運(yùn)動(dòng)歷史。這個(gè)系統(tǒng)顯示，“銅綠假單胞菌” 產(chǎn)生由“表多糖”構(gòu)成的一個(gè)徑跡，這會(huì)影響隨后遇到它的任何其他細(xì)胞的運(yùn)動(dòng)性，產(chǎn)生一個(gè)引導(dǎo)這些細(xì)胞形成微型菌落的正反饋。該研究中所觀察到的這個(gè)正反饋類似于在財(cái)富分配中所觀察到的“富者更富” 的冪定律。來(lái)源：生物通