細(xì)胞周期的推進(jìn)很大程度上依賴于周期性基因表達(dá)。王澤峰（Zefeng Wang）研究員領(lǐng)導(dǎo)北卡羅來納大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)，繪制了細(xì)胞周期的高分辨率轉(zhuǎn)錄組圖譜，揭示了周期性基因與癌癥之間的新關(guān)聯(lián)。這項(xiàng)重要的研究成果于七月一日發(fā)表在Cell Research雜志上。王澤峰研究員2015年將實(shí)驗(yàn)室移到中國(guó)上海，現(xiàn)擔(dān)任中科院上海生命科學(xué)研究院計(jì)算生物學(xué)研究所的所長(zhǎng)。

研究人員在兩個(gè)連續(xù)的細(xì)胞周期中對(duì)人類細(xì)胞進(jìn)行RNA測(cè)序，鑒定了一千多個(gè)周期性表達(dá)的mRNA、非編碼RNA和假基因。研究顯示，這些周期性轉(zhuǎn)錄本主要集中在與DNA代謝、有絲分裂和DNA損傷應(yīng)答有關(guān)的功能上，它們的編碼基因很可能就是細(xì)胞周期的調(diào)控者。

研究人員基于自己選出的周期性基因建立了一套“有絲分裂特征（mitotic trait）”，以便根據(jù)樣本與細(xì)胞周期階段的轉(zhuǎn)錄組相似性對(duì)原發(fā)瘤和正常組織進(jìn)行分類。他們分析了癌癥基因組圖譜TCGA和其他數(shù)據(jù)庫的四千多個(gè)腫瘤樣本，證實(shí)“有絲分裂特征”與遺傳改變、腫瘤類型和患者生存狀況有顯著的關(guān)聯(lián)。

研究人員還定義了67個(gè)核心基因，這些基因在多種細(xì)胞中均有很強(qiáng)的周期性表達(dá)。研究表明，核心基因編碼了蛋白質(zhì)互作的主要樞紐，是細(xì)胞周期向前推進(jìn)所必需的。核心基因還具有*的染色質(zhì)特征，包括CTCF/RAD21結(jié)合和H3K36me3增多。在子宮癌和腎癌中，這種染色質(zhì)特征的缺失與核心基因表達(dá)水平改變有關(guān)。

前不久，Scripps研究所（TSRI）、加州大學(xué)圣地亞哥分校UCSD和Illumina公司的科學(xué)家們利用單核RNA測(cè)序技術(shù)，完成了單神經(jīng)元轉(zhuǎn)錄組的大規(guī)模評(píng)估。這一壯舉于六月二十四日發(fā)表在Science雜志上，為人們揭示了大腦皮層神經(jīng)元的驚人多樣性。

RNA測(cè)序可以檢測(cè)人類和其他生物的基因表達(dá)情況。zui近這一方法在生物科學(xué)和醫(yī)學(xué)研究中非常流行，而且正在逐漸走向臨床應(yīng)用。RNA測(cè)序究竟有多可靠呢？由美國(guó)FDA牽頭的測(cè)序質(zhì)量控制（SEQC）項(xiàng)目對(duì)RNA測(cè)序的準(zhǔn)確性、可重現(xiàn)性和信息含量進(jìn)行了綜合性評(píng)估。研究人員用RNA參照樣本在多個(gè)實(shí)驗(yàn)室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平臺(tái)上進(jìn)行檢測(cè)，主要評(píng)估RNA測(cè)序在接頭區(qū)域和差異性表達(dá)譜中的表現(xiàn)，并將其與芯片和定量PCR（qPCR）進(jìn)行比較。

RNA測(cè)序可以獲得相當(dāng)驚人的數(shù)據(jù)量，這恰恰是一柄雙刀劍。豐富的數(shù)據(jù)量蘊(yùn)含著大量的寶貴信息，但這樣的數(shù)據(jù)需要復(fù)雜的生物信息學(xué)分析，才能從中提取到有意義的結(jié)果。正因如此，數(shù)據(jù)分析可以說是RNA測(cè)序的重中之重。佛羅里達(dá)大學(xué)、加州大學(xué)Irvine分校等單位的研究人員在Genome Biology雜志上發(fā)表文章，概述了RNA-seq生物信息學(xué)分析的現(xiàn)行標(biāo)準(zhǔn)和現(xiàn)有資源，為人們提供了一份帶有注釋的RNA-seq數(shù)據(jù)分析指南。這將成為開展RNA-seq研究的寶貴參考資料。

作者簡(jiǎn)介：

王澤峰目前擔(dān)任中國(guó)科學(xué)院-馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所的研究員、所長(zhǎng)等學(xué)術(shù)和行政職務(wù)。他于1994年在北京清華大學(xué)獲得生物學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)本科雙學(xué)位。1997年，在北京中科院生物物理所獲得碩士學(xué)位。2002年，在美國(guó)約翰霍普金斯大學(xué)醫(yī)學(xué)院獲得博士學(xué)位，之后在麻省理工學(xué)院（MIT）進(jìn)行科學(xué)研究（Damon Runyon fellow）。自2007年起，在北卡大學(xué)（教堂山分校）擔(dān)任助理教授，并于2013年升為副教授（終身教職）。2015年，他將實(shí)驗(yàn)室移到中國(guó)上海，并擔(dān)任計(jì)算生物學(xué)研究所的所長(zhǎng)。

深圳子科生物科技有限公司編輯！