自然培菌也稱直接培菌法。它是利用污水中原有的少量微生物，逐步繁殖的培養(yǎng)過程。城市污水和一些營養(yǎng)成分較全、毒性小的工業(yè)污水，如食品廠、肉類加工廠污水，可以考慮這種培養(yǎng)方法。由于自然培菌法是用污水直接培養(yǎng)活性污泥，其培菌過程也是微生物逐步適應(yīng)污水性質(zhì)并獲得馴化的過程，培養(yǎng)時間相對較長。自然培菌又可分為間歇培菌和連續(xù)培菌二種。

(1)間歇培菌

將曝氣池注滿污水，進行悶曝(即只曝氣而不進污水)，數(shù)天后停止曝氣，靜置沉淀1h，然后排出池內(nèi)約1/5的上層污水，并注入相同量的新鮮污水。如此反復(fù)進行悶曝、靜沉和進水三個過程，但每次的進水量要比上次有所増加，而悶曝時間要比上次縮短。在春秋季節(jié)約二三周就可初步培養(yǎng)出污泥。當(dāng)曝氣池混合液污泥濃度達到1g/L左右時，就可連續(xù)進水和曝氣。由于培養(yǎng)初期污泥濃度較低，沉淀池內(nèi)積累的污泥也較少，回流量也要少一些，此后隨著污泥量的增多，回流污泥量也要相應(yīng)增加。當(dāng)污泥濃度達到工藝所需的濃度后，即可開始正常運行，按工藝要求進行控制。

(2)連續(xù)培菌

連續(xù)培養(yǎng)法是使污水直接通過活性污泥系統(tǒng)的曝氣池和二沉池，連續(xù)進水和出水;二沉池不排放剩余污泥，全部回流曝氣池，直到混合液的污泥濃度達到設(shè)計值為止的方法。具體做法有:①低負荷連續(xù)培養(yǎng);②高負荷連續(xù)培養(yǎng);③接種培養(yǎng)。

2.接種培菌

接種培菌法的培養(yǎng)時間較短，是常用的活性污泥培菌方法，適用于大部分工業(yè)污水處理廠。城市污水廠如附近有種泥，也可采用此法，以縮短培養(yǎng)時間。接種培養(yǎng)法常用的有濃縮污泥接種培菌、干污泥接種培菌。

(1)濃縮污泥接種培菌

采用污水處理廠的濃縮污泥作菌種(種泥或種污泥)來培養(yǎng)。城市污水和營養(yǎng)齊全、毒性低的工業(yè)污水處理系統(tǒng)的活性污泥培養(yǎng)，可直接在所要處理的污水中加入種泥進行曝氣，直至污泥轉(zhuǎn)棕黃色時就可連續(xù)進污水(進水量應(yīng)逐漸增加)，此時沉淀池也投入運行，讓污泥在系統(tǒng)內(nèi)循環(huán)。為了加快培養(yǎng)進程，可在培養(yǎng)過程中投加糞便或其他營養(yǎng)物，活性污泥濃度達到工藝要求值即完成了培菌過程。

對有毒工業(yè)污水進行培菌時，可先向曝氣池引入自來水，然后投入種污泥和糞便進行曝氣，直至污泥呈棕黃色后停止曝氣，讓污泥沉降并排掉一部分上清液，再次補充一定量的糞便繼續(xù)曝氣，待污泥量明顯增加后，逐步提高污水流量。到培菌的后期，污泥中微生物就能較好地適應(yīng)工業(yè)污水。

(2)干污泥接種培菌

干污泥通常是指經(jīng)過脫水機脫水后的泥餅，其含水率約為70％～80％。干污泥接種培菌的過程與濃縮污泥培菌法基本相同。接種污泥要先用剛脫水不久的新鮮泥餅，投加至曝氣池前需加少量水并搗成泥漿。干污泥的投加量一般為池容積的2%-5%。

干污泥中可能含有一定濃度的化學(xué)藥劑（用于污泥調(diào)理），如藥劑含量過高、毒性較大，則不宜用作為培菌的種泥。鑒定污泥能否作接種用，可將少量泥塊搗碎后放入小容器內(nèi)加水曝氣，經(jīng)過一段時間后如果泥色能轉(zhuǎn)黃，就可用于接種。