海洋生態(tài)系統(tǒng)按海底的深度和形態(tài)特點分為：
1．淺海生態(tài)系統(tǒng)
水深6～200m左右的大陸架范圍。世界主要經(jīng)濟漁場幾乎都位于大陸架和大陸架附近，這里具有豐富多樣的魚類。陸架區(qū)的許多海洋現(xiàn)象都具有顯著的季節(jié)性變化，潮汐、波浪、海流的作用都比較強烈。海水中含有大量的深解氧和各種營養(yǎng)鹽類，所以陸架區(qū)特別是河口地帶是漁業(yè)和養(yǎng)殖業(yè)的重要場所；由于陸架區(qū)有著豐富的有機質，特別是繁殖極快、數(shù)量極大和很快死亡的微生物殘骸，它們長期埋藏在陸架區(qū)沉積盆地泥砂中，在缺氧的環(huán)境下，受到一定的溫度、壓力和細菌的分解作用，形成巨大的海底油氣田，目前世界上許多國家在大陸架上開采或正在計劃開發(fā)利用這個天然的海底寶庫。
2．深海生態(tài)系統(tǒng)
深海帶動水深2000～6000m環(huán)境條件穩(wěn)定，無光、溫度在0—4oC左右，海水化學組成比較穩(wěn)定，底土是軟相粘泥，壓力很大，因為深海中沒有進行光合作用的植物，食物條件苛刻，全靠上層的食物顆粒下沉。由于無光，深海動物視覺器官多退化，或者具發(fā)光的器官，也有的眼極大，位于長柄末端，對微弱的光有感覺能力，沒有堅固骨骼和有力肌肉，有薄而透明的皮膚以適應高壓的特征。
3．大洋生態(tài)系統(tǒng)
從深海帶到開闊大洋，深于日光能透入的zui深界線。大洋面積很大，但水環(huán)境相當一致，惟有水溫變化，尤其是暖流與寒流的分布。由于大洋缺乏動物隱蔽場所，所以大洋動物一般有明顯的保護色。
4．火山口生態(tài)系統(tǒng)
zui近，一些學者在考察深海生物時，發(fā)現(xiàn)了一種極為特殊的生物群落，它位于Galapago 群島附近深海的*海嵴的火山口周圍，火山口放出的水流溫度高于周圍200oC，棲居著生物界前所未知的異乎尋常的生物，如1／3m長的蛤蜊，3m長的蠕蟲，它們的食物來源是共生的化學合成細菌，它通過氧化硫化物和還原C02而制造有機物，生產(chǎn)三磷酸腺苷。
5．河口生態(tài)系統(tǒng)
河口灣是大陸水系進入海洋的特殊生態(tài)系統(tǒng)，由于許多河口灣是人類海陸交通要地，受人類活動干擾甚深，也易于出現(xiàn)赤潮，河口灣生態(tài)學是一重要研究領域。一般地說，河口區(qū)生物的種類組成較為復雜，多樣性指數(shù)較高。
這里需要說明的是，根據(jù)《濕地公約》的規(guī)定，把低潮時水深不超過6m的海域歸為濕地范疇，所以潮間帶生態(tài)系統(tǒng)等未劃入海洋生態(tài)系統(tǒng)范疇。但潮間帶海洋植物是海洋生態(tài)系統(tǒng)生產(chǎn)者的重要組成部分
