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細胞信號傳導(dǎo)通路*新模型

時間:2012-5-9閱讀:267
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細胞信號傳導(dǎo)通路即是一個典型的多因子、多參數(shù)、相互調(diào)節(jié)的立體空間網(wǎng)絡(luò)。雖然科學(xué)家已經(jīng)可以在具體實驗數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上建立細胞信號傳導(dǎo)模型,但現(xiàn)階段依然很難確定細胞是以怎樣的網(wǎng)絡(luò)進行傳導(dǎo)的,而要對所有模型進行檢測則只存在理論的可行性,在具體實踐中是不可能實現(xiàn)的。

 

繁復(fù)的細胞信號網(wǎng)絡(luò)的解析一直是困擾生物學(xué)界的一個難題,眾多的傳導(dǎo)路徑往往使研究人員無從入手,給具體實驗研究帶來極大困擾。而英國格拉斯哥大學(xué)研究人員zui近證實,通過貝葉斯統(tǒng)計模型,不僅能對細胞信號通路模型進行評級,遴選出*的傳導(dǎo)路徑,還可對細胞信號網(wǎng)絡(luò)模型進行全新的詮釋。這一代表了細胞信號領(lǐng)域突破性進展的研究成果作為封面文章發(fā)表在近期出版的《科學(xué)—信號傳導(dǎo)》雜志上。

 

zui近,英國的研究人員采用貝葉斯推斷法解決了這一難題。利用該方法,研究人員在現(xiàn)有實驗數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上,通過復(fù)雜的計算來對不同模型進行評價,以得到*模型,并通過具體實驗對模型進行驗證,而所得的新數(shù)據(jù)又可以用于優(yōu)化模型。經(jīng)過幾次循環(huán)后即可得到zui接近真實的細胞信號傳導(dǎo)空間結(jié)構(gòu)。

 

為了驗證該方法的準確性,研究人員選擇了現(xiàn)代生物學(xué)中被研究得zui為深入的表皮生長因子(EGF)——細胞外信號調(diào)節(jié)激酶(ERK)傳導(dǎo)通路作為驗證目標。通過對兩個細胞系及11個因子的介入,在進行了168次獨立檢測后,他們建立了四個表皮生長因子——細胞外信號調(diào)節(jié)激酶傳導(dǎo)模型,并用貝葉斯推斷法找到了zui有可能的“雙通道通路”,其推斷可信度達到了99.997%。而這一推斷隨后得到了核糖核酸(RNA)干涉實驗的證實。

 

該科學(xué)論文的*作者、格拉斯哥大學(xué)生物醫(yī)學(xué)和生命科學(xué)學(xué)院的徐天瑞(音譯)博士指出,這一研究成果不僅解決了困擾生物學(xué)界多年的表皮生長因子——細胞外信號激酶激活方式的爭議,而且也證實了貝葉斯推斷法的高保真性和指導(dǎo)性,它對RAF-1和B-RAF異源雙體激活細胞外信號傳導(dǎo)激酶的預(yù)測是普通生物學(xué)實驗設(shè)計難以完成的。

 

研究人員還同時推測出,細胞內(nèi)兩個重要激酶RAF-1和B-RAF可以在異源雙體的狀態(tài)下激活細胞外信號調(diào)節(jié)激酶,而這一推斷再一次得到的RNA干涉實驗的證實。

 

徐天瑞表示,貝葉斯推斷法的成功運用表明,生物信息學(xué)和實驗生物學(xué)相結(jié)合,不僅可以極大地節(jié)省人力物力,還可以提供實驗生物學(xué)難以提供的信息,這對研究細胞信號通路的實驗設(shè)計具有普遍的指導(dǎo)意義,預(yù)示著未來的細胞信號通路研究將進入一個新的時代。

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