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常用生物軟件簡介

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一、Microarray軟件

1. Array Designer 4.25 Build 42501,為微陣列批量設計cDNA引物和寡核苷酸引物的工具,適用于Windows和Linux系統(tǒng)。

斯坦福編寫的軟件系列:

2. ScanAlyze,Microarray圖像分析軟件,從單一或雙色熒光雜交產(chǎn)生的熒光圖像中分析結(jié)果ScanAlyze提供了執(zhí)行這個過程中一個交互式圖形環(huán)境 - 網(wǎng)格化 - 并提供工具,以簡化和半自動化這個過程。提取物對每個點的信息(熒光強度,背景強度,螢光比例和質(zhì)量控制參數(shù)等種類繁多),并保存在接下來的分析使用的數(shù)據(jù)文件中。

3. Cluster和TreeView,結(jié)合使用2種軟件來處理大量的Microarray數(shù)據(jù),分許歸納為各種聚類并用樹狀圖形顯示結(jié)果。

4. J-express, Molmine公司編寫,是一個用JAVA語言寫的應用程序,界面清晰漂亮,用來分析微矩陣實驗獲得的基因表達數(shù)據(jù),包括分層聚類,K-means功能。需要下載安裝JAVA運行環(huán)境JRE6.0,才能運行。

5. phoretix Array, Nonlinear Dynamics公司的基因片綜分析軟件。能分析高密度DNA和蛋白,每塊微陣列可以被分成小塊或按用戶的網(wǎng)格排列。

二、質(zhì)粒繪圖

1. ApE- A Plasmid Editor,適用于Windows,Linux/Unix。讀取DNA Strider,,F(xiàn)asta,GeneBank,EMBL文件格式,在圖中顯示翻譯,Tm,CG含量,ORF等信息。

2. BVTech Plasmid,BVTech Plasmid是用于DNA序列分子和質(zhì)粒繪圖的收費軟件,運行在Windows系統(tǒng)上。

3. gene construction kit, 一款功能強大的收費軟件,除了常用的質(zhì)粒繪圖工具還可以制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程,包括質(zhì)粒構(gòu)建,模擬電泳條帶。繪出的質(zhì)粒圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。功能多,使用時略有不便,要花時間研究一下。

3. NoeClone,軟件擁有強大的虛擬克隆,模擬凝膠電泳,繪制克隆流程圖以及質(zhì)粒圖譜以及序列圖譜的顯示和分析功能。同時擁有中文操作界面。

4. EZ PLASMID MAP,在線質(zhì)粒繪圖工具。

5. PlasMapper,在線質(zhì)粒繪圖工具。

6. NetPlasmid,在線質(zhì)粒繪圖工具。

三、RNA二級結(jié)構(gòu)

1. RnaViz,一款界面友好的RNA二級結(jié)構(gòu)圖繪制程序??缮捎糜谖恼掳l(fā)表的,高質(zhì)量的二級結(jié)構(gòu)圖。

2. RNA Structure 5.2,RNA和DNA二級結(jié)構(gòu)分析、預測工具。同行也可用于預測生物分子、寡核苷酸與目標RNA之間的結(jié)合力。Mac OS-X系統(tǒng)使用JAVA編寫的圖形化界面,命令行方式適用于Max OS-X, Linux和Windows。

3. RNAdraw, 結(jié)合了RNA二級結(jié)構(gòu)計算和分析。

4. CLC RNA Workbench, 采用自由能量zui小化算法預測RNA結(jié)構(gòu)。提供給用戶一個友好的界面來完成復雜的運算工作。

四、引物設計

1. Primer Premier,PREMIER Biosoft開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測序引物以及雜交探針的設計,評估的軟件,主要界面有序列編輯窗口(Genetank),引物設計窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和紋基分析窗口(Motif)。可以簡單地通過手動拖動鼠標以擴增出相應片段所需的引物,而在手動的任何時候,下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件,讓軟件自動搜索引物,并將引物分析結(jié)果顯示出來。

2. Oligo,用于引物分析的軟件,主要應用于核酸序列引物分析設計軟件,同時計算核酸序列的雜交溫度(Tm)和理論預測序列二級結(jié)構(gòu)。

五、蛋白分析

1. InterViewer,顯示和分析蛋白交互作用軟件,據(jù)其介紹,運行速度比其他軟件快許多。

2. GPMAW,蛋白質(zhì)質(zhì)譜與序列分析軟件。

3. ProteoWizard,蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析,跨平臺的開源軟件。

4. ANTHEPROT,蛋白序列分析軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領域所包括的大多數(shù)內(nèi)容。應用此軟件包,使用個人電腦,便能進行各種蛋白序列分析與特性預測,包括:進行蛋白序列二級結(jié)構(gòu)預測;在蛋白序列中查找符合PROSITES數(shù)據(jù)庫的特征序列;繪制出蛋白序列的所有理化特性曲線;在Internet或本地蛋白序列數(shù)據(jù)庫中查找類似序列;計算蛋白序列分子量,比重與各蛋白殘基百分組成;計算蛋白序列滴定曲線與等電點;選定一個片段后,繪制Helical Wheel圖;進行點陣圖(Dot Plot)分析;計算信號肽潛在的斷裂位點等功能。

5. WinPep,分析蛋白序列的工具軟件。

六、DNA分析

1. WinGene,DNA序列分析。

2. ChromasPro,序列查看、修改軟件??梢源蜷_可打開ABI、SCF、FASTA、EMBL、GenBank、SwissProt、 GenPept、GCG RSF等格式的序列文件。從事測序工作的基本工具軟件。

3. gbench,NCBI開發(fā)的分析序列數(shù)據(jù)軟件平臺。使用gbench 可以查詢NCBI公開序列數(shù)據(jù)和自己的序列數(shù)據(jù),進行各種分析。

4. Sequence Viewer,NCBI開發(fā)的DNA序列圖形顯示軟件。

5. BiQ Analyzer,DNA甲基化分析軟件。

6. Chromatogram Explorer,顯示、處理序列層析圖譜文件軟件。下載的軟件包中還包括其他免費相關軟件,如ABI,FASTA,multi-FASTA格式轉(zhuǎn)換工具。

7. CisGenome Browser,基因組數(shù)據(jù)顯示、分析軟件,整合了tiling array, ChIP-seq, genome and cis-regulatory分析等功能。

8. DNA Baser Sequence Assembler,DNA序列裝配、分析、格式轉(zhuǎn)換軟件。

 

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