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PCR-SSP分析實驗原理和步驟
點擊次數(shù)：1005 發(fā)布時間：2012-10-18
PCR-SSP分析實驗原理和步驟
PCR 序列特異性引物（sequence specific primer,SSP）分析法是使用能夠特異識別特定等位基因的引物通過PCR擴(kuò)增檢測序列多態(tài)性的方法，也稱作等位基因特異性引物PCR 法。本實驗是應(yīng)用PCR-SSP 法檢測MN 基因型。
[實驗原理]
根據(jù)決定某等位基因的堿基性質(zhì)，設(shè)計3′端*個堿基分別與各等位基因的特異性堿基相匹配的序列特異性引物，在PCR反應(yīng)過程中，只有引物3′端*個堿基與決定特定等位基因的堿基互補時才能實現(xiàn)DNA 片段的*復(fù)制，根據(jù)PCR 產(chǎn)物的有無進(jìn)行等位基因的分型。
[實驗器材]
PCR 擴(kuò)增儀、電泳儀、電泳槽。
[實驗試劑]
引物1：5′-GCATCAAGTACCACTGGT-3′；引物2：5′-GCATTAAGTACCACTGAG-3′；共通引物：5′-GAGAAGTTGAGAAAGGGGT-3′。模板DNA、Taq 聚合酶、丙烯酰胺、電極緩沖液、上樣緩沖液等
[實驗方法]
1.PCR擴(kuò)增PCR反應(yīng)體系為20μl（2個體系，分別為引物1和引物2），含模板2μl（約50ng），引物各1.5μl,dNTP1.6μl（0.4mM），10×Buffer緩沖液2μl，Taq酶1.0U，加雙蒸水至20.0μl；PCR反應(yīng)條件為94℃4min,94℃1.5min/52℃2.0min/72℃2.0min，30個循環(huán)。
2.PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測 取PCR擴(kuò)增產(chǎn)物2μl，6%聚丙烯酰胺凝膠電泳（T=6%，C=3.3%，凝膠規(guī)格為82mm×64mm×0.75mm）。電極緩沖液為1×TBE。將加有1/5體積上樣緩沖液的酶切產(chǎn)物電泳，220 v 電壓，電泳2－3h。銀染顯色
[結(jié)果判定]
根據(jù)電泳譜帶的有無判定等位基因型別，僅有1 個體系檢測到譜帶者為相應(yīng)特異性引物對應(yīng)型（M 或N），2 個體系均檢測到譜帶者為MN 型。
[實驗討論]
1.注意事項 ①如引物結(jié)合序列存在堿基變異可能無擴(kuò)增產(chǎn)物，導(dǎo)致錯誤判型；②在對照樣品分型準(zhǔn)確的基礎(chǔ)上才能判定結(jié)果。
2.方法評價 該方法操作簡單，引物設(shè)計與實驗的復(fù)性條件要求較高。