脈沖場凝膠電泳實驗

【資料簡介】

實驗材料    DNA
試劑、試劑盒    GTBETBE瓊脂糖
儀器、耗材    電泳儀
實驗步驟    
1.  制備用于水平電泳的1%瓊脂糖凝膠，放入電泳裝置，其上覆蓋以2~3 mm 的GTBE或TBE緩沖液。
 
2.  加入液體樣品。裝好蠕動泵用于電泳緩沖液循環(huán)。

3.  對于微型凝膠調(diào)整循環(huán)速度至5~10ml/min 對于大型凝膠則用20~50 ml/min。

4.  將管端與凝膠槽中的再循環(huán)口相連，或直接放入緩沖液槽。
 
5.  將可編程的轉(zhuǎn)換裝置與恒壓直流電源相連，然后將凝膠裝置與轉(zhuǎn)換裝置相連（見下表），開始電泳直到溴酚藍遷移1 cm，開啟轉(zhuǎn)換裝置及蠕動泵。
 
6.  與標(biāo)準(zhǔn)的瓊脂糖凝膠一樣進行溴化乙錠染色及照相。經(jīng)酸處理使DNA脫嘌呤后，凝膠可進行Southern雜交。

 

 
（1）這些公式假定使用0.5×TBE緩沖液；對于GTBE和TAE緩沖液，分離的片段將稍大，并且電泳速度分別要快約20%和30%。
 
（2）變量：T，溫度（℃）；V，電場通度（V/cm）；A，瓊脂糖百分濃度（對于脈沖場級瓊脂糖乘以0.8）；脈沖時間（對于倒轉(zhuǎn)電場凝膠指反向時間，單位s）；R，正向與反向電泳時問比率；θ，改向角度。

（3）倒轉(zhuǎn)電場凝膠不能分離此范圍以外的長度，變角度凝膠可以分離此范圍以外的片段，且效果不是很好。