次氯酸鈉發(fā)生器的滅菌殺原理大致有如下三種作用方式：
次氯酸鈉發(fā)生器消殺主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態(tài)氧，新生態(tài)氧的*氧化性使菌體和上的蛋白質(zhì)等物質(zhì)變性，次氯酸鈉發(fā)生器從而致死病源微生物。其實，氯氣消毒的原理也主要是以產(chǎn)生出次氯酸，然后釋放出新生態(tài)氧的方式。
其次，次氯酸在、殺過程中，次氯酸鈉發(fā)生器不僅可作用于細胞壁、外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌()體內(nèi)，與菌()體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發(fā)生氧化反應，次氯酸鈉發(fā)生器從而殺死病原微生物。
同時，次氯酸產(chǎn)生出的氯離子還能顯著改變細菌和體的滲透壓，次氯酸鈉發(fā)生器使其細胞喪失活性而死亡。
此外，次氯酸鈉發(fā)生器還能夠分解蔬菜、水果等農(nóng)副產(chǎn)品上所殘存的微量農(nóng)藥。絕大多數(shù)農(nóng)藥都是由有機物組成的，次氯酸鈉發(fā)生器所釋放出來的新態(tài)氧能氧化分解掉這些物質(zhì)。次氯酸鈉發(fā)生器這無疑對現(xiàn)代農(nóng)業(yè)、果蔬包裝業(yè)的發(fā)展具有重大推動作用。還有值得肯定的是，由于次氯酸鈉發(fā)生器所生產(chǎn)的消毒液中不象氯氣、二氧化氯等消毒劑在水中產(chǎn)生游離氯，所以一般難以形成因存在游離氯而生成不利于人體健康的致癌物質(zhì)；也不象臭氧那樣只要空氣中存在很微弱的量(0.001mg/m3)便會對生命造成損傷和毒害；而且，還不會象氯氣同水反應會后形成鹽酸那樣次氯酸鈉發(fā)生器對金屬管道造成嚴重腐蝕
