mRNA為單股，一般會(huì)卷繞成特定的三級(jí)結(jié)構(gòu)，并與某些蛋白質(zhì)結(jié)合，而以messenger ribonucleoprotein particles （mRNPs） 的型式存在于細(xì)胞內(nèi)；自細(xì)胞抽取RNA時(shí)，一般會(huì)以特定步驟去除蛋白質(zhì)，但仍難*破除RNA的二/三級(jí)結(jié)構(gòu)。 由于進(jìn)行電泳分析時(shí)，影響核酸泳動(dòng)速率的因子主要包括核酸的長(zhǎng)度與構(gòu)形 （conformation），為了去除核酸構(gòu)形所造成的影響，一般以電泳分析RNA時(shí)都采用變性膠體電泳；在進(jìn)行這一類(lèi)電泳分析時(shí)，由于RNA已經(jīng)被變性 （denature），影響其泳動(dòng)速率的因子主要是長(zhǎng)度。 一旦RNA以變性膠體電泳解析好，即可進(jìn)一步進(jìn)行北方轉(zhuǎn)印與雜合分析。

在進(jìn)行RNA變性膠體電泳分析時(shí)，如果所要分析的RNA比較小 （<1,000 bases），可以選用聚丙烯酰胺膠體 （polyacrylamide gel），此時(shí)所使用的變性劑 （denaturing reagent） 主要是尿素 （urea）；這個(gè)方法一般也被用來(lái)分析核酸定序反應(yīng)的產(chǎn)物。若所欲分析的RNA 分子較大， 可采用變性洋菜膠體電泳 （agarose gel electrophoresis），所使用的變性劑為 （1） glyoxal/dimethyl sulfoxide （DMSO） 或 （2）甲醛。 以glyoxal/DMSO系統(tǒng)進(jìn)行電泳分析時(shí)，所使用的電泳緩沖液為10 mMsodium phosphate buffer （pH 7.0）；為了避免電泳進(jìn)行過(guò)程中，電泳槽兩邊的pH落差過(guò)大，以致影響電泳的進(jìn)行，能在兩極的間加裝電泳緩沖液循環(huán)裝置，而且核酸泳動(dòng)速率也應(yīng)盡量放慢。以甲醛為變性劑時(shí)不會(huì)有這些問(wèn)題，因此操作比較省事，但必須注意，甲醛氣體為有毒物質(zhì)，配制甲醛洋菜膠體及進(jìn)行電泳分析時(shí)應(yīng)在抽氣櫥里操作。 本實(shí)驗(yàn)將采用甲醛洋菜膠體電泳法。

清理電泳槽：能否將RNase去除干凈是RNA相關(guān)實(shí)驗(yàn)成功與否的主要決定因子。在進(jìn)行RNA電泳分析時(shí)，為了避免RNase可能帶來(lái)的問(wèn)題，實(shí)驗(yàn)室內(nèi)能騰出一套電泳器材，專門(mén)用于RNA的分析。如果所使用的電泳槽及鑄膠器一般也用于進(jìn)行DNA分析的話，在進(jìn)行RNA變性膠體電泳分析前應(yīng)仔細(xì)地加以清理；清理時(shí)除了以中性清潔劑*沖洗干凈外，再用3%過(guò)氧化氫 （H2O2） 浸泡10 min。