多種實(shí)驗(yàn)結(jié)果已證實(shí)，該技術(shù)具有很高的敏感性，但是如掌握不好也可帶來(lái)很高的背景染色，可有多種因素影響到zui終產(chǎn)物在酶結(jié)合位點(diǎn)的沉積，這是因?yàn)檫@個(gè)沉積過(guò)程是一種復(fù)雜的化學(xué)反應(yīng)和物理變化的綜合結(jié)果。Breininger等（2000）認(rèn)為，在ELF的反應(yīng)過(guò)程中很容易形成假的熒光結(jié)晶，使FISH信號(hào)減弱，引起非特異性結(jié)晶沉積在組織細(xì)胞表面，造成背景信號(hào)。

實(shí)驗(yàn)結(jié)果證實(shí)，只要延長(zhǎng)ELF反應(yīng)時(shí)間，就可以避免背景染色。

解決的辦法主要有：
①商品化試劑盒內(nèi)提供一種延時(shí)試劑；
②在顯色液中加入4％PVP；
③顯色時(shí)間控制在15～30min內(nèi)。