一個基因文庫中應包含的克隆數(shù)目與該生物的基因組的大小和被克隆 DNA片段的長度有關。原核生物的基因組較小，需要的克隆數(shù)也較少；真核生物的基因組較大，克隆數(shù)需相應增加，才能包含所有的基因。此外，每一載體DNA中所允許插入的外源DNA片段的長度較大，則所需總克隆數(shù)越少；反之則所需數(shù)越多。如果一個基因文庫的總克隆數(shù)較少，則從中篩選基因雖然比較容易，但給以后的分析造成困難，因為片段的長度增加了。如果要使每一克隆中的 DNA片段縮短，就須增加克隆數(shù)，所以在建立基因文庫前應根據(jù)研究目的來確定 DNA片段的長度和克隆的數(shù)目。

L.克拉克和J.卡邦在1975年提出一個統(tǒng)計學的公式來計算某一基因文庫中所應包含的克隆數(shù)目。在建立基因文庫時，任何一個DNA片段都是在隨機的基礎上被克隆的。